Sessions thématiques

Sessions thématiques

Les sessions thématiques auront lieu le Mercredi 03 Juillet après-midi.

1- Bio image informatics: how to generate phenomics in bio imaging (Salle H)

par France BioImaging, Bioimage informatics node

La microscopie, grâce à l’analyse d’image, produit aujourd’hui un plus grand nombre d’images mais également des données à moyen, haut ou très haut débit. De nouvelles approches pour analyser ces mesures spatio-temporelles sont développées, à la fois pour l’extraction de données, leur analyse et leur classification, avec des méthodes qui sont également parfois utilisées en bioinformatique (moléculaire et génétique). Le thème général de cette session est la création de données -omiques notamment phénotypiques à partir des images prises de l’échelle moléculaire à l’échelle tissulaire.

Cette session concerne les grands thèmes méthodologiques suivants :

• Le filtrage des images pour leur préparation à l’extraction des données,
• L’extraction de données à partir des images par segmentation ou tracking,
• L’analyse de ses données -omiques d’imagerie,
• La gestion de ces données, les architectures de stockage et de calcul associées.

Les méthodes utilisées couvrent les problèmes inverses et les problèmes d’optimisation, les méthodes bayésiennes, les méthodes graphes, le deep-learning et autres méthodes de classification appliquées aux données extraites de l’image ou aux images elles-mêmes.

 Programme de la session disponible ici.

2- Methods for single-cell omics data analysis (Salle 200)

par le groupe multi-instituts SinCellTE

Cette session portera sur le traitement bioinformatique et les analyses biostatistiques d'ensembles de données obtenus au niveau d'une seule cellule.  L'accent est mis sur la génomique, la transcriptomique (scRNA-seq, CITEseq) et l'épigénomique (scATAC-seq, scHi-C, scChIP-seq) avec une ouverture pour la cytométrie en flux. L'objectif est de mettre en évidence les méthodologies utilisées, ainsi que les limites actuelles et les défis posés par ces ensembles de données. La session vise également à présenter de nouvelles méthodes de bioinformatique et de biostatistique, méthodologies développées dans les laboratoires français. La séance soulignera également la diversité des activités des questions biologiques abordées par ces omiques unique des expériences sur cellules.

Programme de la session disponible ici.

3- Omic dark matter : Faire parler la matière noire omique (Aud 450)

par L. Bittner et E. Pelletier, avec le soutien du

Le séquençage à haut débit et ses coûts réduits permet de multiplier les approches omiques et méta-omique. La quantité de données à analyser s'accumulent, cependant la majorité des études actuelles restent focalisées sur les séquences annotées taxonomiquement et / ou fonctionnellement. Cette session a pour but de mettre en lumière les développements méthodologiques permettant dès aujourd'hui d'exploiter la masse de données de la matière noire omique (e.g. réseaux de similarité de séquences, réseaux de co-occurence, modélisation de la structure des protéines). Une réflexion commune sur comment créer une structure collective favorisant le partage des nouvelles connaissances autour de la masse de séquences non annotées sera proposée.

Programme de la session disponible ici.

4- Predictive approaches for biological systems engineering (Salle G)

par le GDR    (J-L. Faulon et G.Truan) et le groupe BIOSS (G. Batt, C. Lhoussaine, E. Remy et A. Siegel) avec le soutien du

La biologie synthétique a un grand potentiel pour résoudre un large éventail de problèmes biotechnologiques et biomédicaux. Cependant, après plus d'une décennie de recherche active, la bio-ingénierie n'a pas répondu aux attentes. Des améliorations significatives de notre capacité à perturber, observer, prévoir et modifier le fonctionnement des systèmes biologiques sont nécessaires. L’objectif de cette session est de présenter les recherches en cours et les problèmes en suspens qui intéressent les communautés de la biologie des systèmes et de la bioinformatique. Nous nous concentrerons plus spécifiquement sur les approches visant à améliorer nos capacités d'ingénierie de l'expression génique et du métabolisme de manière prévisible au niveau cellulaire.

 Programme de la session disponible ici.

5- Protein structure and design: from sequence to function (Salle I)

par le groupe MASIM (G. André-Leroux, F. Cazals, J. Cortes, B. Offmann, Y. Ponty), avec le soutien du

La bioinformatique structurale est une discipline particulièrement adaptée pour exploiter les données issues des techniques OMICS, leur donner une dimension fonctionnelle dans un contexte de réseau cellulaire et/ou de communautés complexes. Son rôle est de déchiffrer la relation séquence-structure-dynamique-fonction de systèmes complexes intégrés dans leurs processus biologiques. Ce domaine intègre des données expérimentales de biophysique avec des méthodes et des algorithmes performants issus de mathématiques appliquées et d'informatique, et bénéficie de la puissance calculatoire des superordinateurs.Cette session sera axée sur les dernières avancées en détermination in silico des structures 3D de systèmes biologiques, et la corrélation avec leur fonction biologique à l'aide de données de séquençage, ainsi que leur application au design de protéines.

Programme de la session disponible ici.